Tlenoterapia hiperbaryczna, choć jest stosunkowo bezpieczną i nieinwazyjną metodą, jak każda procedura medyczna, wiąże się z możliwością wystąpienia powikłań. W początkowej fazie ciśnienie jest stopniowo zwiększane, czemu może towarzyszyć uczucie podobne jak podczas startu i lądowania samolotu, nurkowania czy jazdy windą. Pacjent może odczuwać dyskomfort związany z zatykaniem uszu. Istnieją jednak proste techniki mające na celu zminimalizowanie tego uczucia, jak:

  • przełykanie śliny,
  • żucie,
  • ziewanie,
  • próba Valsalvy – zatknij palcami nos, zamknij usta, wydmuchuj powietrze tak, jakbyś chciał nadmuchać balon przez około 10-15 sekund, podobnie jak przy dużym wysiłku jak podnoszenie ciężkich przedmiotów.

Zmianom ciśnienia może towarzyszyć także ból głowy. Po 2-3 zabiegach u większości osób organizm przyzwyczaja się do tego i zmiany ciśnienia nie są już tak odczuwalne.

Dzięki stosowaniu technik wyrównywania ciśnienia można uniknąć urazu ciśnieniowego ucha. Innym powikłaniem tlenoterapii hiperbarycznej jest uraz ciśnieniowy zatok. Występuje on jednak głównie u pacjentów z infekcjami górnych dróg oddechowych, dlatego koniecznie trzeba przestrzegać przeciwwskazań tlenoterapii hiperbarycznej (odnośnik).

W związku z tym, że tlen hiperbaryczny powoduje usuwanie toksyn z organizmu, po kilku sesjach pacjent może odczuwać także nudności, bóle brzucha, bóle i zawroty głowy, co związane jest właśnie z procesem oczyszczania.